وی تاکید کرد: نوع رابطه بین حوزه علمیه و دولت و پشتیبانی از موسسات پژوهشی حوزوی باید آسیب شناسی شود و باید استقلال حوزه و مرجعیت فکری حوزه حفظ شود که به شکل دوسویه و قابل تداومی این پشتیبانی ها ادامه پیدا کند.
حجت الاسلام والمسلمین توسلی در بخش دیگری از سخنان خود با اشاره به تغییرات نظام ارزشیابی پژوهشگاه ابراز داشت: بازنگری وضع موجود پژوهشگاه و بررسی مشکلات و نواقص در حال انجام است، به نظر می رسد که فرایند سیستم به درستی انجام نشده است.
وی با بیان وضعیت محققان پژوهشگاه عنوان کرد: بخشی از بدنه کارکنان پژوهشگاه به عنوان کارمند مطرح هستند و محقق در این سیستم به رسمیت شناخته نمی شد، شکل معقول مدیریت پژوهشی این است که باید محققان در پروژه های پژوهشی به کار گرفته شوند.
رییس پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی ادامه داد: خاستگاه و هویت ما حوزوی است و اگر محقق از حوزه علمیه منقطع شود، خسارت است، طبق بررسی های صورت گرفته مقرر شد پیشنهادات برای بهبود کار جمع بندی شود.
حجت الاسلام والمسلمین توسلی افزود: وضعیت محققان رسمی پژوهشگاه باید تثبیت شود و با ارزیابی فعالیت های تحقیقی محققان فوق العاده ای در نظر گرفته شود.