وی با اشاره به سنت حوزه در تربیت مفاخر علمی یادآور شد: با برنامه حوزه که از گذشته وجود داشته و تا امروز نیز ادامه دارد: علامه حلی‌ها، سید بحرالعلوم ،کاشف‌الغطاء، صاحب جواهر و شیخ انصاری‌ها تربیت شده‌اند.
دبیر دوم شورای عالی حوزه‌های علمیه با تاکید بر این که امروز نیز حوزه‌های علمیه به دنبال حفظ همان روش است ادامه داد: باید مراقب بود روش حوزه از مسیر منحرف نشده و با روش‌های دانشگاهی تداخل پیدا نکند البته برنامه‌های مفیدی را می‌توان در قالب های نو به سیستم حوزوی تزریق نمود.
آیت‌الله مقتدایی در ادامه بر ضرورت توجه به تحول در حوزه در کنار حفظ سنت‌های آن اشاره کرد و یادآور شد: همان گونه که رهبرمعظم انقلاب و مراجع معظم تقلید تاکید دارند تحول در حوزه امر مبارکی است تا جایی که به فرموده رهبر معظم انقلاب ؛اگر در حوزه تحول وجود نداشته باشد محکوم به مرگ است.
وی در ادامه توجه به برنامه‌های قرآنی را در حوزه ارزشمند دانست و گفت: اهتمام طلاب به حفظ قرآن،قرائت ،تفسیر و غیره موجب برکت بیشتر در عرصه طلبگی خواهد شد.
عضو جامعه مدرسین حوزه، علامه طباطبایی را الگویی برای طلاب معرفی کرد و با بیان این که ایشان طالب مستمر علم بود افزود: طلاب باید برای خود الگویی انتخاب کنند تا با پیروی از آنها در مسیر درست طلبگی قرار گرفته و خود را در زمره نخبگان قرار دهند.
