آیت الله سید احمد خاتمی، در گفت وگو با خبرنگار خبرگزاری حوزه در مشهد، در پاسخ به این سؤال که  رهبر معظم انقلاب بارها  بر شکل‌گیری کرسی های آزاد اندیشی تأکید کرده اند ولی هنوز شکل نگرفته است، گفت: من معتقدم تمام درسهای فقهی ما کرسی های آزاد اندیشی است و حتی بالاتر از آن است، زیرا در سیستم تحصیل در حوزه استاد از طلاب می‌خواهد تا اشکالات را مطرح کنند تا پاسخ آن را بشنوند.

وی یادآور شد: مسأله مورد نظر رهبری در بحث کرسی‌های آزاداندیشی، در مسائل سیاسی است، زیرا در حوزه مسائل علمی کرسی‌های آزاد اندیشی وجود دارد، البته در مسائل سیاسی نه این که کرسی آزاد اندیشی وجود ندارد، بلکه همین جلسات متعددی که مسئولان در آن حضور پیدا می کنند و طلاب دانشجویان پای صحبت های آنان هستند، و سؤالات خود را مطرح می کنند و پاسخ ها را می شنوند، به نوعی کرسی های آزاد اندیشی محسوب می شود.

عضو شورای عالی حوزه گفت: بحث کرسی های آزاد اندیشی در حوزه در آن حدی که دغدغه مقام معظم رهبری بوده هنوز برآورده نشده است که امیدواریم تحقق یابد.

وی همچنین در خصوص عدم حضور برخی از روحانیان در مسائل کلان سیاسی که رهبر انقلاب از آن به عنوان روحانیت سکولار تعبیر می کنند، بیان داشت: خودداری  برخی از روحانیان در مباحث کلان سیاسی بحث جدایی دین از سیاست را به دنبال دارد و یک تفکر و نظریه رضاخانی است که رهبر معظم انقلاب اسلامی نسبت به آن هشدار داده‌اند و باید مراقب بود دوباره آن نظریه و تفکر ضد دینی زنده نشود.

آیت الله خاتمی در پایان تاکید کرد: امروز ما با دو مقوله مواجه هستیم، نخست مقوله شکل نگرفتن کرسی های آزاد اندیشی به صورت گسترده و دوم تلاش دشمن برای دور کردن حوزه های علمیه از دفاع از نظام اسلامی که باید نسبت به این دو موضوع اهتمام جدی داشته باشیم.