ایشان سپس به نجف هجرت کرد و 11 سال در این مرکز علمی به تحصیل پرداخت. هم‌اندیشی با مرحوم مظفر و احمد امین ریاضی‌دان برجسته دانشگاه بغداد از فعالیت‌های علمی آن مرحوم بود.

از آنجایی که به روشنفکری دینی اعتقاد داشت گام در عرصه تحقیق و تفحص گذارد و از زمره متفکرانی بود که با اخلاقی سازنده و سلوکی راهگشا، زیباترین جلوه‌های اخلاقی و حکمی را بروز داد.

مجموعه 15 جلدی تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی، مجموعه 27 جلدی ترجمه و تفسیر نهج‌البلاغه از آثار ماندگار ایشان است. از علامه جعفری در زمینه فقه، فلسفه، عرفان، آثار بسیاری نیز به یادگار مانده است. در طول حیات خود از محضر آیات عظام و بزرگانی چون میرزا احمد آشتیانی، شیخ محمدرضا تنکابنی، میرزا محمدتقی زرگر تبریزی، آیت‌الله شهیدی، سید ابوالقاسم خویی، حکیم، کاظم شیرازی، عبدالهادی شیرازی، سید جمال‌الدین گلپایگانی، شیخ مرتضی طالقانی و ... بهره‌ها برد.

آن مرحوم با دانشمندان بسیاری در سراسر دنیا مذاکرات و مکاتبات علمی داشت و آثاری در نقد و تحلیل نظریات کانت، هگل، دکارت و دیوید هیوم دارد.

علامه جعفری در تاریخ 25آبان 1377 به دیدار حق شتافت.

روحش شاد.

ادامه تصاویر