اینکه همیشه از ایشان به عنوان موسس حوزه علمیه قم یاد می شود کار درستی است و به واقع هم تاسیس این حوزه علمیه برجسته ترین و مهم ترین تلاش علمی ایشان است اما آنچه مهم تر است راهی است که به این اتفاق خجسته و پربرکت منتهی شد.
راه سخت و سنگلاخی که آیت الله حائری یزدی با هجرت از یزد به نجف و بعد اقامت در اراک و سپس حضور در قم و در طول سالیان متمادی درس و بحث و مجاهدت علمی و تلاش و جد و جهد در راه انتشار معارف دینی، بالاخره قم را به مرکزیت علوم دینی در مذهب شیعی مبدل نمود و سرآغاز جدیدی در تاریخ علم و معارف اهل بیت رقم زد.
و این در حالی بود که مراکز اصلی درس و بحث دینی در قم – فیضیه و دارالشفا- تبدیل به مخروبه و محل گردآمدن گدایان و دیوانگان شده بود!
رونق دوباره قم و مرکزیت یافتن آن به عنوان قطب علمی شیعه در عالم، ثمره تلاشهای مرحوم حائری و بازتابی از روح کلی حاکم بر علمای آن روزگار جهان اسلام بود که با تدبیر و تلاش آیت الله موسس و همراهی سایر علما از جمیع بلاد اسلامی و مجامع علمی با ایشان، از نجف و اراک گرفته تا اصفهان و مشهد، باعث شد قم تبدیل به مجمعی از علم و موقفی از ایمان و مجرا و مجلای مجاهدتهای اندیشگی و تکاپوهای فکری گردد.
و این روند و حرکت علمی همان چیزی است که در روایات ما و نیز در گفتار و اندیشه و فکر و ذهنیت عالمان دینی نیز نزج گرفته و روندی را به تکامل و تواتر پیموده بود.
اینکه قم روزگاری مرکز علم شیعی می گردد و بساط تدریس و تدرس و نشاط علمی و فکری از کوفه و نجف به قم منتقل می شود یکی از اندیشه ها و پیشگفته های بزرگان و علمای سلف بوده که بر مبنای روایتی از حضرت امام جعفر صادق (ع) بیان گردیده:
زود باشد که کوفه از مؤمنان خالي گردد و دانش در آن ناپديد شود .... و به شهري که آن را « قم » گويند ظاهر شود و معدن اهل علم و فضل شود.
و حضرت آیت الله حائری یزدی به عنوان سکاندار این تدبیر و اتفاق و رهنمون این حرکت و اقدام، گام در راهی نهاد که بتواند به یکی از آمال و آرزوهای اصیل و سنتی شیعه جامه عمل بپوشاند و در این مسیر، از هیچ تلاشی فروگذار نکرد و خداوند هم همراه و یاریگر اخلاص و تکاپ و مجاهدت علمی او شد.
براستی و درستی می توان گفت آیت الله حائری یزدی می تواند و باید الگویی برای طلاب و روحانیت ما در هویت صنفی و رفتار و کردار عملی شان قرار بگیرد تا حوزه علمیه بتواند همان نشاط و بالندگی سلف را به روزگار و دوران خلف منتقل سازد و از این رهاورد به مدارج و معالم و مراتب فضل و راهگشایی فکری جامعه منتهی گردد.