وقتی شهد شهادت نوشید، جهادگری بود در میدان علم و اجتهاد و رادمردی در عرصه تقوا و عقاد، شرح تلاش‌های او در کسب علم و شور گام‌های او در درک معنا، نه در واژه می گنجد نه در بیان و بنان کسی می آید، «اما تا اشارات نظر و راه‌گشای من توست» کلام نورانی اقطاب عرصه عرفان و مردان جرگه ایمان و یاران میدان اطمینان، یاریگر ماست، کلام بزرگان درباره شهید سید مصطفی خمینی همگی تصویرگر مردی است که به سلاح علم و صلاح تقوا و گام نهادن در مسیر پاک عرفان، مزین و منور بود و ... امید آینده اسلام
خبرگزاری حوزه دیدگاه‌ها و نقطه نظرات برخی از بزرگان حوزه در خصوص ویژگی های شخصیتی و ابعاد علمی فرزند دلبند امام خمینی را معرفی می‌کند.
*شاگردی ممتاز و مدرسی معروف
حضرت آیت الله خامنه‌ای در وصف فرزند امام خمینی این گونه می‌فرماید: مرحوم سید مصطفی خمینی (ره) یکی از شخصیت‌های بالقوه وبالفعل اسلام بود، روزی که ایشان شهید شدند در حدود سنین 48-47 سالگی بود و در آن سن جزء ممتازترین کسانی بود که در حوزه‌های علمیه قم، نجف، مشهد و ... وجود داشت.
ایشان اگر نگوییم بهترین شاگرد ولی جزء بهترین شاگردان درس امام (س) بود و در عین حال، خود یک مدرس معروف بود و فلسفه و فقه درس می‌داد او به عنوان یک چهره برجسته در میان طلاب، فضلا و مدرسین حوزه معروف بود.
*مقاوم در برایر حوادث گوناگون
آیت‌الله العظمی محمد فاضل لنکرانی پیرامون شخصیت حاج‌آقا مصطفی می گویند: ایشان بر اثر ذکاوت خاص و استعداد ویژه، تلاش‌های پیگیر، پشت‌کار مخصوص و موفقیت خاص از نظر اساتید برجسته مخصوصاً والد ماجدش حضرت امام به مرتبه اجتهاد و تخصص در فقه، اصول، فلسفه و تفسیر رسید و شاگردانی تربیت نمود و کتبی تالیف کرد.
از همان آغاز مبارزه روحانیت به رهبری امام، علیه رژیم طاغوت نقش ارزنده ای داشت، در برابر حوادث و رویدادهای گوناگون که در مقابله با مبارزین پیش می‌آمد، کاملاً مقاومت و ایستادگی نموده و با بینش کامل با آنان برخورد می کرد و در این رابطه گرفتار زندان و تبعید شد.
*جامع بین معقول و منقول
آیت‌الله العظمی سیدرضا بهاء‌الدینی فرزند دلبند امام را این گونه توصیف می‌کنند: الحاج آقا مصطفی، آیت الله جامع بین المعقول و المنقول والسیاسیة الاسلامیة والدینیة فی شبابه و بلغ ما بلغ من نوادر زماننا، بل من نوادر الاعصار و الازمان، صادق القول مع حسن نیته، بصیرٌ بالنفوس مع کمال الفطانة الدهی، و له سهم وافر لی الانقلاب و حوادثه، صابر فی المشکلات ونوائب الدهر.
او به راستی یکی از شخصیت‌های بزرگ اما گمنام است. کسی نمی‌توانست او را خوب بشناسد و بشناساند من معتقدم که هیچ کس به اندازه خود امام سلام الله علیه حاج آقا مصطفی را نمی‌شناخت.
*دارای فکری خلیق
آیت‌الله العظمی سبحانی در خصوص صفات بارز و فکر خلیق حاج‌آقا مصطفی اظهار داشته‌اند: یکی از مواهبی که ایشان داشت فکر زایا بود. تواضع در برابر کسانی که حقی بر گردنش داشتند از صفات بارز ایشان بود.
آثار علمی منتشر شده از ایشان نشانه عظمت و ذکاء فکری و ذوق ایشان در مسائل فلسفی، فقهی و اصولی است از تفسیرشان پیداست که ایشان بیشتر از نظر فلسفی و عرفانی به کتاب الله علاقمند بود.
*امین امام خمینی بود
آیت‌الله محمد یزدی رییس جامعه مدرسین در این باره میگوید؛ مرحوم آیت الله مصطفی خمینی، اخلاق خوبی داشت و جذاب بود هیچ جنبه منزجر کننده‌ای نداشت، نه در کردار و نه در گفتار. گاهی مزاح می‌کردند اما هرگز شوخی زننده نمی‌کردند، نمی‌گذاشت از کسی غیبت شود، امور سیاسی ایران را به خوبی بررسی می کرد و به حضرت امام هم گزارش می داد و به شکل‌های گوناگون با افراد ارتباط برقرار می‌کرد.
*تجلی گاه امام خمینی (ره)
آیت‌الله مومن،عضو فقهای شورای نگهبان میگوید ؛او یکی از شاگردان فاضل امام بود وقتی خدمت ایشان منظومه حاج ملاهادی سبزواری را می‌خواندیم کاملاً معلوم بود که به مباحث سطح بالاتری در حد اسفار ملاصدرا هم تسلط داشت کلاس ایشان غیر از آموزش درس، آموزش اخلاقی هم برای ما در بر داشت، به طور کلی معنویتی که امام داشتند در ایشان نیز متبلور بود، اهل دنیا نبود و مانند حضرت امام به مادیات دلبستگی نداشت.
*تسلط بر علوم گوناگون
آیت‌الله سید حسن طاهری خرم‌آبادی میگوید؛ حاج آقا مصطفی از فضلای درجه اول و مشهور حوزه علمیه قم بود که با علوم گوناگون از قبیل فقه، اصول، فلسفه، تفسیر،عرفان، رجال و مانند آنها به خوبی آشنایی داشت هر چند تخصص اجتهادی ایشان در فقه و اصول بود.
*حافظه ای قوی داشت
آیت‌الله سید عباس خاتم یزدی: خصوصیاتی را که من در مرحوم آیت‌الله حاج آقا مصطفی دیدم تاکنون در کمتر کسی دیده‌ام، ایشان حافظه‌ای قوی و استعداد و نبوغ فوق العاده‌ای داشتند.
از نظر علمی در فقه و اصول مجتهد کامل و مطلق در عرفان، اخلاق، فلسفه و رجال هم صاحب نظر بود البته اجتهاد ایشان و ارتقاء علمی آن مرحوم در نجف به حد والای خود رسید، از نظر اخلاقی، صاحب اخلاق پسندیده بود.
*فوق‌العاده دوست‌داشتنی بود
آیت‌الله محمد هادی معرفت(ره): ایشان علاوه بر داشتن هوش و استعداد فوق‌العاده، فردی بود توانمند، اجتماعی، فوق‌العاده دوست داشتنی و اهل فضل و ادب، در درس با والد خود بحث می‌کردند در عین حال که در درس امام شرکت می‌کرد خود نیز خارج فقه و اصول تدریس می‌کرد و به تفسیر علاقه‌مند بود.
*شجاعت او زبانزد خاص و عام بود
آیت‌الله هاشمی رفسنجانی:در غیاب امام مسئولیت هدایت نهضت را به عهده گرفت. شجاعت و مردانگی او پس از دستگیری و بازداشت هم زبانزد خاص و عام زندانیان و مسئولان زندان بود.
دوران پس از تبعید و اقامت ایشان در نجف دوران رشد سریع و عمیق علمی و تسلط کامل یافتن بر مبانی فقهی، کلامی و فلسفی بود بر اساس مبانی نظریات فقهی و عقیدتی مطرح می کرد بر بحث‌های اجتماعی هم مسلط بود و براساس آنها موضع می‌‌گرفت واضح و مستدل صحبت می کرد.
