با وجود فعالیت های کوناگون و خدمات متعددی که آیت الله مشکینی، پس از پیروزی انقلاب اسلامی به نظام مقدس جمهوری اسلامی داشت، اما شاید بتوان ریاست او بر مجلس خبرگان رهبری را پررنگترین نقش دانست. اعتماد نمایندگان خبرگان رهبری به شخصیت ایشان چنان بالا بود که او از زمان تاسیس مجلس خبرگان رهبری تا پایان حیاتش ریاست این مجلس را برعهده داشت و توانست در روزهای حساس پس از وفات امام خمینی (ره)، این مجلس را به خوبی هدایتگری کند.