خبرگزاری «حوزه» تبارشناسی این عالم بزرگ دینی را منتشر می کند.
حضرت آیت الله سیستانی در نهم ربیع الاول سال 1349 هجری قمری در خانواده‌ای متدین ومشهور به علم و دانش در مشهد مقدس به دنیا آمد. پدرش «سید محمّد باقر»عالمی مقدّس ، و مادرش علویه‌ای والا مقام ، فرزند «علاّمه سیّد رضا مهربانی سرابی» بود.
خاندان حضرت آیت الله سیستانی (دام ظله) که از سادات علوی حسینی هستند ، سده یازدهم هجری در اصفهان می‌زیستند. از سرشناسان آن خاندان در روزگار یادشده می توان فیلسوف پرآوازه (محمد باقر داماد) صاحب کتاب قبسات اشاره نمود.
یکی از نوادگان وی به نام «سید محمد» در عهد پادشاهی سلطان حسین صفوی به مقام شیخ الاسلامیِ سرزمین سیستان رسیده و به آن دیار انتقال یافته و از آن پس، او و خانواده‌اش در همان جا سکنا گرفته اند.
نخستین فرد از این خاندان که به مشهد مقدس رهسپار شد، مرحوم «سید علی» بود که برهه‌ای را در مدرسه مرحوم ملا محمد باقر سبزواری ماند وبرای ادامه تحصیل، ابتدا به نجف اشرف رفت و سپس رهسپار سامرّا شد.
جدّ وی عالم جلیل القدر «سیدعلی سیستانی» بود که علامه شیخ آقا بزرگ تهرانی در کتاب طبقات اعلام الشیعه در باره‌اش چنین آورده است:« وی از شاگردان ملاعلی نهاوندی در نجف اشرف، و از شاگردان مجدّد شیرازی در سامرّا بود. وپس از آن در زمره خواص سیداسماعیل صدر در آمد و در حدود سال 1318 هجری به مشهد امام رضا (علیه السلام) بازگشت و در آن جا رحل اقامت افکند و با بهره وافری که از دانشِ و پارسایی و صلاح برده بود، به جایگاه بلندی دست یافت».
