به گزارش خبرنگار خبرگزاری حوزه، کسانی که مقام معظم رهبری را می‌شناسند خوب می‌دانند که تأیید معظم له نسبت به مدیران ارشد حوزه و یا نظام اسلامی، آن‌هم در تریبون رسمی به ویژه در صورتی که تکرار شود چقدر معنادار و با اهمیت خواهد بود و لازم است امر مورد توجه و امعان نظر قرار گیرد.
کمتر شنیده‌ایم که مقام معظم رهبری در تریبون رسمی، یک مدیریتی را کارآمد خطاب کنند، اما این توفیق بزرگ نصیب آیت‌الله اعرافی شده است که بعد از تمجید علنی در دیدار طلاب در سال ۱۳۹۸، اخیراً نیز در پیام به کنگره حضرت حمزه به این موضوع اشاره کردند.
رهبر انقلاب در دیدار طلاب حوزه‌های علمیه که در ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۸ برگزار شد در بیانات خود به مدیریت حوزه اشاره کرده و فرمودند: «... یک اشاره‌ای بکنم به مطالبی که آقایان فرمودند. جناب آقای اعرافی اشاره کردند به برنامه‌ای که در دست تهیّه دارند یا تهیّه شده و بنا است اجرا کنند؛ برنامه‌ای با این اصولی که ایشان ذکر کردند، بسیار جالب است و بسیاری از این خواسته‌هایی را که گفته شد پوشش می‌دهد و چون آقای اعرافی این را بیان می‌کنند، بنده کاملاً امیدوار هستم که این تحقّق پیدا کند؛ چون خود ایشان بحمدالله ظرفیّت بسیار مغتنمی هستند و من امیدواری زیادی دارم که ان‌شاءالله این کارها انجام بگیرد؛ البتّه باید حرکت کرد، باید اقدام کرد، باید همکاری کرد، همّت کرد، سعی کنند که برنامه عمل بشود. تحصیل برنامه و تهیّه‌ی برنامه نیمی از کار است، نیم مهمّی هم هست لکن تحقّق برنامه خب یک مسئله‌ی بعدی است...»
بعد از گذشت دوسال از بیانات رهبر انقلاب در جمع طلاب و همچنین ادامه مدیریت آیت الله اعرافی در حوزه‌های علمیه و تدوین و اجرای برنامه‌های کلان مانند درختواره دانشی، طرح کارویژه‌های حوزه و روحانیت، ارتباطات هدفمند حوزه، جامعه و نظام، حضرت آیت الله خامنه ای بار دیگر در جمع اعضای ستاد برگزاری کنگره بین المللی حضرت حمزه (ع) که سخنان معظم له در این دیدار در روز ۱۴ بهمن ۱۴۰۰ در این کنگره پخش شد، تأکیدی و تائیدی مجدد بر مدیریت خوب و کار آمد حوزه کرده اند و بیان داشتند «...و اگر خواصّ جامعه همّت کنند برای تولید یک چنین شخصیّت‌هایی، هر یک از اینها خواهد توانست جامعه را در مواقع حسّاس نجات بدهد؛ واقعاً این جوری است. ما اکتفا نکنیم به همین که حالا کسانی را تربیت کنیم، یا موعظه کنیم، یا از این کارها، که حالا بالاخره باری‌به‌هرجهت، یک چیزی را قبول کنند؛ نه، سعی دستگاه‌ها بر این باشد بحمداللّه جامعةالمصطفی ٰ در این زمینه‌ها می‌تواند مرکز فعّالی باشد؛ در قم، مراکزی که اخیراً مدیریّت کارآمدِ حوزه بحمداللّه به وجود آورده می‌تواند یک چنین چیزهایی را تمهید کند؛ بعضی از دستگاه‌های تبلیغی هم در این زمینه خوب کار می‌کنند شخصیّت‌هایی را درست کنیم که این شخصیّت‌ها خودشان مصداق باشند برای معارف الهی، معارف اسلامی و احکام اسلامی. اگر یک چنین شخصیّت‌هایی درست بشوند، آن وقت دیگر تشکیل تمدّن اسلامی یک چیز قطعی خواهد بود؛ یعنی دیگر مورد تردید نخواهد بود...»
