با شروع مبارزات امام خمینی با رژیم شاه، آیت الله سید مهدی یثربی هم به جمع مبارزان پیوست و پس از حمله رژیم به مدرسه فیضیه در سال ١٣٤٢، با وجود خفقان و جو سرکوبگرانه‌ای که وجود داشت، مجلس عزاداری در کاشان برگزار کرد. اعتراضات مرحوم آیت الله یثربی به رژیم شاه تمامی نداشت و او در پی برگزاری جشن‌های ٠ ٢۵٠ ساله، تغییر تاریخ هجری شمسی به تاریخ شاهنشاهی و فرمایشی بودن انتخابات مجلس شورای ملی، اعتراضاتش را به گوش رژیم رساند. اما مبارزات مرحوم آیت الله یثربی به اینجا نیز ختم نمیشد و در پی جریان تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در سال ١٣٤١، امام خمینی (ره) در ضمن نامه‌ای به مرحوم آیت الله یثربی، از ایشان خواست تا برای جلوگیری از اجرای این لایحه، ابعاد آن را برای مردم کاشان تشریح کند.